転職エージェント経由で獲得した内定の断り方

建築や不動産業界に特化したエージェントを長年やらせていただいております。
ご質問の件ですが、他社エージェントに対して申し訳ないという気持ちは持つ必要はないですよ。
確かに、今までお世話になったから断りづらいと思うのが普通だと思いますが、
私は大事なご転職という場面でその方の為に精一杯できたことが何よりの幸せなので、
「今までお世話になり申し訳ないのですが、よく考えた上別の会社様でお世話になる事に決めました。
ご内定獲得までご丁寧にご指導いただき、本当にありがとうございました」とお伝えすれば大丈夫だと思います。

エージェント様も理解して下さると思いますよ！

単純にメールや電話で、「他社経由で内定をもらったので、○○の理由により、そちらで意思決定をしようと思うので辞退します」で問題ないかと思います。

ただし、できれば担当エージェントに対して、事前に他社エージェントを利用している事や、そこ経由でも求人の選考が進んでいる事なども、
先に伝えておけると突然後出しで伝えるよりも驚かれる事もなく、納得感を持ってもらいやすいので、できれば他社選考状況は小まめに担当エージェントに共有するようにしておくと良いでしょう。

エージェントは決して敵ではなく転職者の味方ですので。