ベンチャーからの転職は保守的な企業からしてみると不利なのでしょうか？

金融業界からベンチャー企業へご転職をお考えとの事、
ベンチャー企業はどこも過剰労働過ぎると聞いており、ご不安という事ですね。

結論からお応えするとベンチャー企業次第、と思います。

そもそものご自身が考えているベンチャー企業の定義次第ではあると思いますが、
ビジネスモデルや経営者によって、業務スタイルは様々です。

以下の記事のように、18時には全員退社というECサイト運営の会社もあるそうです。

・18時で全員退社、それでも160％の業績を上げ続けるECサイト「北欧、暮らしの道具店」のクラシコムにみる働き方
http://www.lifehacker.jp/2015/04/150406kurashicom_interview.html

保守的な業界からの転職が不利になるか、という点ですが、
確かに、採用側としても、なぜ金融業界は安定的な志向性を感じられる業界で、
そうした業界に一度入ったにも関わらず、あえて飛び出そうと考えているのか？といった点については
詳しく深堀りされるような気はします。

実際現職と比べれば、大体のベンチャー企業はリソースや最低限のインフラが整っていない組織が多いと思います。

そうした事へのギャップは大きいと思うので、
それを事前に理解した上で、覚悟を持って、チャレンジされると良いかと思います。