システムエンジニアか、プログラマーのキャリア、どちらが将来性ありますか？

一般的には、このままSEとして別の会社への転職のほうが、安定していると言えそうですね、
ですが、Webプログラマーとして、ベンチャー企業への転職も十分、もしくはそれ以上の安定があるとも思います。
ベンチャー企業での業務は、プログラミングのみならず、企画に参加したり、デザインの修正したり、
インフラの構築からその保守に至るまで幅広い知識が必要になってくるからです、
時には客先での交渉ごとや、新人の教育なども珍しい話ではないです。
例え、企業が上手く行かなくて倒産してしまっても、そこで得た知識は価値のあるものなので、
価値のある知識と経験をつけることで、将来安定するのではないかと思います。

また、業界の将来性に不安を持っていない業界人はいないと思います、
その中で、ITエンジニアという業界は比較的新しく、今後もIT製造分野は伸びていくかなと思います。

後悔ない転職ができ、いい環境でお仕事できて、スキルをどんどん磨いていけるような転職先が見つかることを願っています。